学院简介     深圳大学高等研究院是深圳大学新成立的一个包含本科与研究生培养、侧重交叉学科教学和研究的校内新型教育机构。高等研究院是深圳大学内部一个探索全面改革创新、实行特殊管理体制的、开展交叉学科创新人才培养和科学研究的学术特区,实行教授治院。
人员信息

李文金

博士,研究员

邮箱:liwenjin(at)szu(dot)edu(dot)cn

地址:深圳大学办公楼341室


教育背景:

2012 中科院上海生命科学研究院计算生物学研究所,计算生物学,博士

2009.11-2010.10 德国海德堡理论研究所,中欧联合培养博士生

2010.11-2011.12 德国马普生物物理化学研究所,中欧联合培养博士生

2004 浙江大学材料与化学工程学院,生物工程,学士


工作经历:

2017.3-2017.6 中科院大连化学物理研究所,助理研究员

2013.3-2016.12 美国伊利诺伊大学芝加哥分校,博士后

2012.10-2013.2 德国海德堡理论研究所, 博士后


研究兴趣:

主要运用分子动力学模拟,并结合统计物理和量子化学理论知识,从原子水平理解蛋白质的结构和功能,特别是酶的催化反应机理。同时开发相关的计算方法,包括增强采样方法、自由能计算以及相互作用能分析。此研究或可应用于蛋白质工程和药物开发。


代表性文章列表:

Li W, and Ma A. A Benchmark for Reaction Coordinates in the Transition Path Ensemble. J. Chem. Phys. 144(13), 134104 (2016).

Li W, and Ma A. Some Studies on Generalized Coordinate Sets for Polyatomic Molecules. J. Chem. Phys. 143 (22), 224103 (2015).

Li W, Edwards SA, Lu L, Kubar T, Patil SP, Grubmueller H, Groenhof G, and Graeter F. Force Distribution Analysis of Mechanochemically Reactive Dimethylcyclobutene. ChemPhysChem 14 (12), 2687-2697 (2013)

Li W, Rudack T, Gerwert K, Graeter F, and Schlitter J. Exploring the Multi-Dimensional Free Energy Surface of Phosphoester Hydrolysis with Constrained QM/MM Dynamics. J. Chem. Theor. Comput. 8 (10), 3596-3604 (2012)

Li W, and Graeter F. Atomistic Evidence of How Force Dynamically Regulates Thiol/Disulfide Exchange. J. Am. Chem. Soc. 132 (47), 16790-16795 (2010)

Li W, Lin K, Feng K, and Cai Y. Prediction of Protein Structural Classes Using Hybrid Properties. Molec. Divers. 12, 171-179 (2008)


专著章节:

Graeter F, and Li W. Transition Path Sampling with Quantum/Classical Mechanics for Reaction Rates. In: Kukol A (ed) Molecular Modelling of Proteins, 2nd edition. Springer, New York. 2015.