报告主题：The Study of Viruses using genome-resolved metagenomics

主讲人：陈林兴研究员（中国科学技术大学）

主持人：周之超

时 间：2024年6月17日周一10：00

地 点：深圳大学致知楼706

嘉宾简介：

陈林兴，现任中国科学技术大学环境科学与工程系特任研究员，入选中国科学院人才计划。博士研究生毕业于中山大学，此后在中山大学和美国加州大学伯克利分校进行博士后研究。其主要利用基因组水平的宏基因组学方法，研究自然生境和动物宿主中的微生物及其病毒的多样性、功能和生态位角色。至今已发表超过40篇期刊论文，其中以第一或通讯（含共同）作者身份发表论文10余篇，包括Nature Microbiology (2020，2024)，Nature Communications (2023), ISME Journal (2015, 2015, 2018)，Genome Research (2020)，其论文总被引用2400余次，H-index为21（Web of Science数据）。曾主持自然科学基金青年项目，并参与其他多个项目。

报告摘要：

病毒是地球上最丰富的生物实体，总数量超过1031，可以感染原核生物和真核生物。病毒能够感染并杀死宿主、利用辅助代谢基因（AMGs）改变宿主代谢，并能介导水平基因转移。噬菌体是专门感染细菌的病毒。噬菌体的基因组大小通常约为50 kbp。相比之下，一些称为大噬菌体的噬菌体基因组大小超过200 kbp，它们被发现广泛分布在地球的各种生境中。通过宏基因组学技术，大噬菌体被鉴定出编码多种代谢功能，包括参与好氧甲烷氧化、蛋白质合成和病毒防御的功能。然而，从宏基因组数据中重建的噬菌体基因组通常是片段化的，这一问题通过COBRA自动基因组延伸工具得到部分解决。尽管如此，目前关于大噬菌体尚有诸多挑战需要解决，包括大噬菌体的准确多样性和进化历史，以及它们编码的许多未被鉴定的功能基因。