教育背景：
2017，巴黎萨克雷大学，生物工程，博士
2013，巴黎中央理工大学，环境工程与生物技术，硕士
2014，北京航空航天大学，电子与通信工程，硕士
2011，北京航空航天大学，信息与计算科学，本科
工作经历：
2025.03至今，深圳大学高等研究院，研究员
2022.03-2025.02，深圳大学高等研究院，副研究员
2019.07-2022.02，深圳大学高等研究院，博士后
2017.05-2019.04，欧洲生物技术与经济中心，博士后
研究兴趣:
通过融合数学建模、深度学习、生物信息学与分子生物学技术，建立交叉学科驱动的微生物系统分析体系，定量解析微生物生长代谢与互作机制，并应用于古菌类细胞器功能演化、微生物生态与元素循环、新型污染物降解及合成微生物组设计等领域的研究。
科研项目：
1.国家自然科学基金青年科学基金项目，32200099，基于代谢互作模型研究红树林沉积物
中硫酸盐还原菌驱动碳硫循环的作用机制，2023-2025，30万，主持
2.国家自然科学基金重大研究计划培育项目，92051102，基于多组学拓扑学数据分析研究
滨海湿地微生物活性功能模块(AFM)影响碳氮硫循环的耦合机制，2021-2023，81万，参与
3.国家自然科学基金面上项目，32070108，珠江口污染沉积物中新型芳烃降解古菌的生态
分布和降解代谢机制研究，2021-2024，58万，参与
4.广东省基础与应用基础研究基金委-自然科学基金面上项目，2023A1515011309，基于
延伸因子EF-1α的热稳定性探讨阿斯加德古菌温度适应性演化过程，2023-2025，10万，参与
5.深圳市科技创新委员会基础研究重点项目，JCYJ20200109105010363，城市污染水体中卤代芳香烃微生物降解脱毒关键模块的挖掘与应用潜力评估，2020-2022，250万，参与
代表性论文：
微生物代谢/互作模型
1.H. Du, J. Pan, D.Y. Zou, Y.H. Huang, Y. Liu*, M. Li*, Microbial active functional modules derived from network analysis and metabolic interactions decipher the complex microbiome assembly in mangrove sediments,Microbiome10 (2022) 224 .
2.H. Du, M. Li, Y. Liu*, Towards applications of genome-scale metabolic model-based approaches in designing synthetic microbial communities,Quant. Biol.11 (2023) 15-30.
3.A. La,H. Du, B. Taidi, P. Perré*, A predictive yeast model based on components, energy and electron carrier balances,Biotechnol. Bioeng.117 (2020) 2728-2740.
微生物生长模型
4.H. Du, P. Perré, I. Turner*, Modeling fungal growth with fractional transport models,Commun. Nonlinear. Sci. Numer. Simulat.84 (2020) 105157.
5.H. Du, P. Perré*, A novel lattice-based model for investigating three-dimensional fungal growth on solid media,Physica A541 (2020) 123536.
6.H. Du, T. Tran, P. Perré*, A 3-variable PDE model for predicting fungal growth derived from microscopic mechanisms,J. Theor. Biol.470 (2019) 90-100.
7.H. Du, M. Ayouz, P. Lv, P. Perré*, A lattice-based system for modeling fungal mycelial growth in complex environments,Physica A511 (2018) 191-206.
8.H. Du, P. Lv, M. Ayouz, A. Besserer, P. Perré*, Morphological characterization and quantification of the mycelial growth of the brown-rot fungus Postia placenta for modeling purposes,PLoS ONE11 (9) (2016) e0162469.
微生物网络分析
9.S.J. Pan#,H. Du#, R.Q. Zheng, C.J. Zhang, J. Pan, X.L. Yang, J.H. Li, W. Liu, H.K. Zhou, X.L. Yu, S.M. Mo, G.Q. Zhang, G.P. Zhao, W. Qu*, C.J. Jiang*, Y. Tian*, Z.L. He*, Y. Liu*, M. Li*, A holistic genome dataset of bacteria and archaea of mangrove sediments,GigaScience, accepted.
10.H. Du#, J. Pan#, C.J. Zhang, X.L. Yang, C. Wang, X.L. Lin, J.H. Li, W. Liu, H.K. Zhou, X.L. Yu, S.M. Mo, G.Q. Zhang, G.P. Zhao, W. Qu*, C.J. Jiang*, Y. Tian*, Z.L. He*, Y. Liu*, M. Li*. Analogous assembly mechanisms and functional guilds govern prokaryotic communities in mangrove ecosystems of China and South America,Microbial. Spectr.(2023) e01577-23.
