教育背景
2012.09–2015.12 法国图卢兹第三大学，法国国家科学研究中心生态与环境功能实验室，博士
2009.09–2012.06 扬州大学，海洋科学与技术研究所，硕士
2005.09–2009.06 扬州大学，环境科学与工程学院，学士
工作经历
2023.06-至今 深圳大学，高等研究院，特聘教授
2021.09-2023.05深圳大学，高等研究院，研究员、助理教授
2018.05-2021.08深圳大学，高等研究院，副研究员
2016.02–2018.03 深圳大学，高等研究院，博士后
所获人才计划和奖项
2021教育部国家重大人才工程青年人才
2021年度中国海洋与湖沼十大科技进展
2021年度中国海洋十大科技进展
2021年度微生物生态青年科技创新特等奖
2021年深圳大学荔园优青
2021年深圳市高层次人才国家级领军人才
研究兴趣
微生物生态学：海拉古菌、固碳细菌、浮霉状菌在海陆关键带的生态功能
细胞生物学：原核生物类细胞器代谢体的功能与演化
合成微生物组：基于基因组尺度代谢模型构建自下而上和自上而下的合成微生物组，环境污染修复
研究技术与技能
基于宏基因组学和生物信息学的数据驱动的生物知识发现、系统发育学分析、代谢模型、微生物学、分子生物学、细胞生物学等
组内研究人员
专职研究人员
副研究员
杜欢，法国巴黎-萨克雷大学，博士
研究助理
李玉玲，兰州大学，本科
博士后
Mehreen Gul, 2023，Quaid-i-Azam University, Pakistan，生物信息学，博士
博士生
池柏慧，2024，大连理工大学，环境工程（环境微生物方向），硕士
研究生
徐奥翔，2022，扬州大学，本科
杨叶娟，2022，南昌大学，本科
潘师君，2022，南京师范大学，本科
本科生
李裔扬，2024
黄新悦，2023
刘翔源，2022
黄琼榕，2022
刘涵，2021
项目资助
科学研究类
在研
1．国家自然科学基金面上项目，32370055，阿斯加德古菌细胞微室基因簇功能研究，2024/01-2027/12，50万元，在研，主持
2. 深圳市自然科学基金基础研究面上项目，JCYJ20230808105711023，红树林湿地固碳细菌羧酶体的多样性与碳汇效能研究，2023/11-2026/11，30万元，在研，主持
3. 深圳市自然科学基金稳定支持面上项目，20220809161641002，红树林湿地沉积物中新型硫酸盐还原菌的多样性与生态效应，2022/10-2024/9，15万元，在研，主持
4. 国家自然科学基金重大研究计划集成项目，92351303，内陆水体与海陆交汇带微生物驱动碳氮循环的机制集成研究——多生境微生物代谢接力驱动碳氮元素循环（子课题负责人），2024/01-2024/12，50万元，在研
已结题
1. 国家自然科学基金重大研究计划培育项目，92051102，基于多组学拓扑学数据分析研究滨海湿地微生物活性功能模块(AFM)影响碳氮硫循环的耦合机制，2021/01-2023/12，81万元，结题，主持
2.国家自然科学基金青年基金项目，31700430，近岸沉积物中海洋线虫与微生物的相互作用对氮去除过程的影响，2018/01-2020/12，25万元，结题，主持
3.中国博士后科学基金面上资助，2017M612718,近岸沉积物中海洋线虫与微生物的互作对反硝化的影响，2017/06-2018/04，5万元，结题，主持
4.广东省自然科学基金-博士启动，2017A030310296，基于宏基因组学的海洋自由生活线虫对硝态氮超负荷下深圳湾反硝化过程的影响，2017/01-2019/12，10万元，结题，主持
教育教学类
在研
1.广东省教育厅，学位与研究生教育改革研究项目，基于LLM 的引导式 Python 生物信息学 编程教学研究，2024-2025，主持
2.深圳大学首批高等教育（研究生）教学成果奖培育项目，科教融合视角下的微生物合成生物学研究生课程改革与创新，2024-2026，主持
3.深圳大学本科教学改革研究项目，“闯关式”生物信息学的本科教学改革探索，2023-2024，主持
近期代表性论文：
比较基因组学
1.Fan, L.#, Xu, B.#, Chen, S.#, Liu, Y.#, Li, F., Xie, W., ... & Zhang, C. (2024). Gene inversion led to the emergence of brackish archaeal heterotrophs in the aftermath of the Cryogenian Snowball Earth.PNAS Nexus, 3(2), pgae057.
2.Liu, Y.#, Makarova, K. S.#, Huang, W. C.#, Wolf, Y. I., Nikolskaya, A. N., Zhang, X., ... & Li, M. (2021). Expanded diversity of Asgard archaea and their relationships with eukaryotes.Nature, 593(7860), 553-557.
3.Huang, W. C.#,Liu, Y.#, Zhang, X., Zhang, C. J., Zou, D., Zheng, S., ... & Li, M. (2021). Comparative genomic analysis reveals metabolic flexibility of Woesearchaeota.NatureCommunications 12: 5281.
4.Cai, M.#,Liu, Y.#, Yin, X., Zhou, Z., Friedrich, M. W., Richter-Heitmann, T., ... & Li, M. (2020). Diverse Asgard archaea including the novel phylum Gerdarchaeota participate in organic matter degradation.Science China Life Sciences, 63, 886-897.
5.Liu, Y., Zhou, Z., Pan, J., Baker, B. J., Gu, J. D., & Li, M. (2018). Comparative genomic inference suggests mixotrophic lifestyle for Thorarchaeota.The ISME journal, 12(4), 1021-1031.
系统发育学
1.Lu, Z.#, Zhang, S.#, Liu, Y.#, Xia, R., & Li, M. (2024). Origin of eukaryotic-like Vps23 shapes an ancient functional interplay between ESCRT and ubiquitin system in Asgard archaea.Cell Reports, 43(2).
2.Tong, Y.#, Wu, X.#,Liu, Y.#, Chen, H., Zhou, Y., Jiang, L., ... & Zhang, Y. (2023). Alternative Z-genome biosynthesis pathway shows evolutionary progression from Archaea to phage.Nature Microbiology, 8(7), 1330-1338.
3.Liu, Y., & Li, M. (2022). The unstable evolutionary position of Korarchaeota and its relationship with other TACK and Asgard archaea.mLife, 1(2), 218-222.
4.Zhou, Z.#,Liu, Y.#, Anantharaman, K., & Li, M. (2022). The expanding Asgard archaea invoke novel insights into Tree of Life and eukaryogenesis.mLife, 1(4), 374-381.
基因组尺度代谢模型
1.Du, H., Pan, J., Zou, D., Huang, Y.,Liu, Y.*, & Li, M.* (2022). Microbial active functional modules derived from network analysis and metabolic interactions decipher the complex microbiome assembly in mangrove sediments.Microbiome, 10(1), 224.
2.Du, H., Li, M., & Liu, Y.*(2023). Towards applications of genome‐scale metabolic model‐based approaches in designing synthetic microbial communities.Quantitative Biology, 11(1), 15-30.
小型底栖动物与微生物互作
1.Liu, Y., Tackx, M., Dauta, A., Julien, F., & Buffan-Dubau, E. (2021). Rotifers stimulate the specific uptake rate in lotic phototrophic biofilms.Freshwater Biology, 66(7), 1245-1256.
2.Liu, Y., Majdi, N., Tackx, M., Dauta, A., Gerino, M., Julien, F., & Buffan-Dubau, E. (2015). Short-term effects of nutrient enrichment on river biofilm: N–NO3−uptake rate and response of meiofauna.Hydrobiologia,744, 165-175.
3.Liu, Y.#, Dedieu, K.#, Sánchez-Pérez, J. M., Montuelle, B., Buffan-Dubau, E., Julien, F., ... & Gerino, M. (2017). Role of biodiversity in the biogeochemical processes at the water-sediment interface of macroporous river bed: An experimental approach. Ecological Engineering, 103, 385-393.
其他论文请见Web of Science (https://www.webofscience.com/wos/author/record/AIE-3290-2022)或ORCID（https://orcid.org/my-orcid?orcid=0000-0002-1109-0756）
毕业学生
黄文聪（与李猛教授联合培养），2021，硕士，荷兰阿姆斯特丹大学全奖PhD
招聘信息
课题组常年招聘有上进心的学生(包括本科生及研究生) 及博后。
