毛石清博士毕业于中国科学院上海生化细胞所徐国良院士实验室；2014年到2020年于剑桥大学肿瘤研究所从事博士后研究，合作导师为Shankar Balasubramanian爵士（Illumina二代测序技术发明人，Cambridge Epigenetix创始人）。博士博后期间一直围绕DNA甲基化，羟甲基化在哺乳动物早期发育及其在疾病基因组中的机制和功能进行探索。近年以第一或共同第一作者身份在Cell Stem Cell (2014)，Stem Cell Research (2015)，Nature Structure Molecular Biology (2018，该工作被权威学术评论机构“Faculty of 1000”作为研究亮点推荐)，Biochemistry (2020)发表学术论文各1篇。以共同作者身份发表Cell, Nature Genetics, Molecular Cell, Cell reports, Journal of the American Chemical Society等。
本课题组长期招聘博后，欢迎具有分子细胞生物学，生物信息学或化学生物学研究背景的同仁加入我们。
教育背景：
2014，中国科学院上海生化细胞所，生物化学与分子生物学，理学博士
2008，华中农业大学，国家生命科学与技术人才培养基地，理学学士
工作经历：
2020.12-今，深圳大学高等研究院，研究员
2020.09—2020.12，浙江大学医学院附属第一医院，特聘研究员
2014.08—2020.07，剑桥大学肿瘤研究所，博士后
研究兴趣：DNA修饰的机制研究及其应用
哺乳动物的遗传物质DNA由腺嘌呤(A),胸腺嘧啶(T),鸟嘌呤(G),胞嘧啶(C)四种碱基构成。研究发现哺乳动物基因组中同时也存在多种修饰的碱基，如5-甲基胞嘧啶，5-羟甲基胞嘧啶等。这些修饰的胞嘧啶在基因表达调控及哺乳动物的生长发育过程中具有重要功能。异常的胞嘧啶修饰会导致疾病或肿瘤。我博士期间的工作主要围绕TET1/2/3双加氧酶及DNA羟甲基化在体细胞重编程中的功能。博士后期间主要围绕DNA甲基化酶DNMT1/3A/3B，对其建立哺乳动物甲基化谱式的作用机制进行研究。掌握积累了检测DNA甲基化，羟甲基化修饰的高灵敏质谱检测，高通量测序及生物信息分析手段。
本实验室将以分子生化为基础，以基因组测序及表观遗传分析手段为特色，研究内容主要包括：1）DNA修饰谱式在哺乳动物中的建立和维持机制；2）DNA修饰谱式在器官衰老及肿瘤等疾病中的异常积累及其分子机理；3）核酸修饰在肿瘤早期诊断中的应用转化研究。
发表论文 (# co-first author)：
[1] Broome R, Chernukhin I, Jamieson S, Kishore K, Papachristou EK,Mao S-Q, Tejedo CG, Mahtey A, Theodorou V, Groen AJ, D’Santos C, Balasubramanian S, Farcas AM, Siersbæk R, Carroll JS. TET2 is a component of the estrogen receptor complex and controls 5mC to 5hmC conversion at estrogen receptor cis-regulatory regions. Cell Rep. 2021 Feb;34(8):108776. (IF: 8.1; Q1)
https://doi.org/10.1016/j.celrep.2021.108776
[2]Mao SQ#, Cuesta SM#, Tannahill D, Balasubramanian S. Genome-wide DNA Methylation Signatures Are Determined by DNMT3A/B Sequence Preferences. Biochemistry. 2020 Jul 14;59(27):2541–50. (IF: 2.865; Q2)
https://doi.org/10.1021/acs.biochem.0c00339
[3] Nguyen HP, Stewart S, Kukwikila MN, Jones SF, Offenbartl‐Stiegert D,Mao S, Balasubramanian S, Beck S, Howorka S. A Photo‐responsive Small‐Molecule Approach for the Opto‐epigenetic Modulation of DNA Methylation. Angew Chemie Int Ed. 2019 May 13;58(20):6620–4. (IF: 13.0; Q1)
https://doi.org/10.1002/anie.201901139
[4]Mao S-Q, Ghanbarian AT, Spiegel J, Martínez Cuesta S, Beraldi D, Di Antonio M, Marsico G, Hänsel-Hertsch R, Tannahill D, Balasubramanian S. DNA G-quadruplex structures mold the DNA methylome. Nat Struct Mol Biol. 2018 Oct 1;25(10):951–7. (IF: 12.1; Q1)
https://doi.org/10.1038/s41594-018-0131-8
[5] Yang J, Guo R, Wang H, Ye X, Zhou Z, Dan J, Wang H, Gong P, Deng W, Yin Y,Mao SQ, Wang L, Ding J, Li J, Keefe DL, Dawlaty MM, Wang J, Xu GL, Liu L. Tet Enzymes Regulate Telomere Maintenance and Chromosomal Stability of Mouse ESCs. Cell Rep. 2016;15(8):1809–21. (IF: 8.1; Q1)
https://doi.org/10.1016/j.celrep.2016.04.058
[6] Liu L#,Mao SQ#, Ray C#, Zhang Y#, Bell FT, Ng SF, Xu GL, Li X. Differential regulation of genomic imprinting by TET proteins in embryonic stem cells. Stem Cell Res. 2015 Sep;15(2):435–43. (IF: 4.5; Q2)
https://doi.org/10.1016/j.scr.2015.08.010
[7] Hu X#, Zhang L#,Mao S-Q#, Li Z, Chen J, Zhang R-R, Wu H-P, Gao J, Guo F, Liu W, Xu G-F, Dai H-Q, Shi YG, Li X, Hu B, Tang F, Pei D, Xu G-L. Tet and TDG mediate DNA demethylation essential for mesenchymal-to-epithelial transition in somatic cell reprogramming. Cell Stem Cell. 2014 Apr 3;14(4):512–22. (IF: 20.9; Q1)
https://doi.org/10.1016/j.stem.2014.01.001
[8] Hon GC, Song C-X, Du T, Jin F, Selvaraj S, Lee AY, Yen C-A, Ye Z,Mao S-Q, Wang B-A, Kuan S, Edsall LE, Zhao BS, Xu G-L, He C, Ren B. 5mC oxidation by Tet2 modulates enhancer activity and timing of transcriptome reprogramming during differentiation. Mol Cell. 2014;56(2):286–97. (IF: 15.6; Q1)
https://doi.org/10.1016/j.molcel.2014.08.026
[9] Chen J, Guo L, Zhang L, Wu H, Yang J, Liu H, Wang X, Hu X, Gu T, Zhou Z, Liu J, Liu J, Wu H,Mao S-Q, Mo K, Li Y, Lai K, Qi J, Yao H, Pan G, Xu G-L, Pei D. Vitamin C modulates TET1 function during somatic cell reprogramming. Nat Genet. 2013 Dec 27;45(12):1504–9. (IF: 27.6; Q1)
https://doi.org/10.1038/ng.2807
[10] Song C-X, Szulwach KE, Dai Q, Fu Y,Mao S-Q, Lin L, Street C, Li Y, Poidevin M, Wu H, Gao J, Liu P, Li L, Xu G-L, Jin P, He C. Genome-wide profiling of 5-formylcytosine reveals its roles in epigenetic priming. Cell. 2013 Apr 25;153(3):678–91. (IF: 38.6; Q1)
https://doi.org/10.1016/j.cell.2013.04.001
[11] Yin R,Mao SQ, Zhao B, Chong Z, Yang Y, Zhao C, Zhang D, Huang H, Gao J, Li Z, Jiao Y, Li C, Liu S, Wu D, Gu W, Yang YG, Xu GL, Wang H. Ascorbic acid enhances tet-mediated 5-methylcytosine oxidation and promotes DNA demethylation in mammals. J Am Chem Soc. 2013;135(28):10396–403. (IF: 14.6; Q1)
https://doi.org/10.1021/ja4028346
[12] Gaofu Q,Shiqing M, Fayin Z, Zhiniu Y, Xiuyun Z. In vitro assessment of plant lectins with anti-pinwood nematode activity. J Invertebr Pathol. 2008;98(2008):40–5. (IF: 2.1; Q1)
https://doi.org/10.1016/j.jip.2007.11.004
