高等研究院实行高等研究院领导小组指导下的院长负责制，高等研究院院长直接向深圳大学校长负责。高等研究院领导小组由深圳大学校长、高等研究院院长、高等研究院顾问、主管本科教学副校长、主管研究生和科研副校长、教务部主任、研究生院院长和学科建设与发展办公室主任等人组成。

高等研究院下设学术委员会、顾问委员会、院务委员会、教务委员会。高等研究院实行教授治院，学科方向的负责人向院长负责。

高等研究院学术委员会旨在为高等研究院的战略发展、科学研究方向、培养计划、学术标准，以及与产业界在教学和科研方面的合作提供建议。学术委员会的宝贵意见有助于高等研究院在教学和科研等方面的发展，以及加强与国内外高校、研究机构及国内产业界的联系。

顾问委员会协助研究院招聘专职特聘教员(TTF)，对申请应聘人员的研究能力与发展潜力提出评价意见；指导研究院研究方向的确立、研究项目的申报、学科的建设与发展；以及参与专职特聘教员(TTF)终身教职制考评。同时也对高等研究院在教学科研方面的发展提出方向性的建议。

院务委员会是高等研究院最高学术与行政组织，负责制订教学、科研、人事和财务等管理制度。院务委员会由高等研究院院长、高等研究院顾问、学科负责人和专职教师代表组成。院务委员会可将其部分权责下放予辖下各专业委员会。为保证高等研究院财务、人事、教育和研究等方面工作的正常开展，院务委员会下设由教职工代表组成的委员会，行使院务委员会分派的职权。

教务委员会是高等研究院的最高学术组织，负责制订及检讨教务政策。教务委员会主席由高等研究院院长或执行院长担任。委员会的权力和责任将在高等研究院条例中明确规定。教务委员会可将其部分权责下放予辖下各专业委员会。